Der Wirkungsbereich der Natura-2000-Station deckt sich weitgehend mit dem Arbeitsbereich des LPV Rhön. Die Kulisse deckt den Thüringer Teil des Biosphärenreservates Rhön vollständig ab und liegt anteilig in den Landkreisen Wartburgkreis und Schmalkalden Meiningen.

Das Gebiet der Natura-2000-Station „Rhön“ umfasst ca. 84.000 ha in den Naturräumen Hohe Rhön & Vorderrhön. Darin befinden sich 19 FFH-Gebiete mit ca. 15.000 ha, 1 FFH-Objekt (Wochenstube Gr. Mausohr, Kirche Neidhartshausen) und 1 SPA-Gebiet mit ca. 20.000 ha. Dabei handelt es sich um das größtes SPA-Gebiet in Thüringen.